数年前,人类以超级战舰“轰天号”,在南极击溃“哥吉拉”,并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外,还有许许多多的怪兽,对各大人类都市虎视眈眈。于是,人类成立了“地球防卫部”,专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员,就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。
此外,为了应付怪兽对人类造成的困扰,地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类,这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”,让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性,以应付怪兽的攻击,其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
就在不久之前,人们挖到一个巨大怪物的遗骸,而且怪物拥有机械跟生物的本质,怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久,尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告,这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”,盖刚的出现代表着人类...
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